Aşağıdaki tabloda NTFS, exFAT, FAT32 ve FAT16 dosya sistemleri karşılaştırmasını bulabilirsiniz.
| NTFS | exFAT | FAT32 | FAT16 | |
| Azami Bölüm Boyutu | 16EB | 128PB | 2TB | 4GB |
| Azami Dosya Boyutu | 16TB’dan 64KB az. (Dosyalar, sürücü ya da sürücü bölümünden daha büyük olamaz.) |
16EB | 4GB | 2GB |
| Azami Dosya Adı Uzunluğu | 255’e kadar (dosya uzantısı dahil) Büyük küçük harf arasında fark yoktur |
255’e kadar (dosya uzantısı dahil) | 255’e kadar (dosya uzantısı dahil) | Standart: 8-3 (8 dosya adı, 3 dosya uzantısı) Gelişmiş: 255’e kadar (dosya uzantısı dahil) |
| Adlandırma Kuralları | ? “ / \ * | : karakterlerini içeremez. | ? “ / \ * | : karakterlerini içeremez. | ? “ / \ * | : karakterlerini içeremez. | ? “ / \ * | : karakterlerini içeremez. |
| Uygulama | NTFS; 400MB ve üzeri boyuta sahip sürücü ve bölümlerde kullanım için uygundur. | Windows XP KB955704 paketi ile exFAT desteğine kavuşmuştur. Mac OS 10.6.5 ve sonrası exFAT destekler. Linux (FUSE ile) | Windows XP 32GB ve üzeri FAT32 bölümleri destekler. Ancak dahili biçimlendirme aracı kullanılarak 32GB üzeri FAT32 bölüm oluşturulamaz. 32GB ve üzeri bölümler için NTFS dosya sistemi önerilir. |
FAT16 200MB ve üzeri küçük boyutlu böümler için uygundur. Bir dizin içerisinde bulunabilecek azami dosya sayısı 65,517 ve dizin sayısı ise 255. |